微生物菌施用到土壤之后，可以从土壤中分离出的一种能分化铝硅酸盐和磷灰石类矿物的有益微生物菌，能够分解钾长石、磷灰石等不溶性的硅铝酸盐无机矿物质，促进难溶性的钾、磷、硅、镁等养分元素转化成可溶性养分，增加土壤中速效养分的含量，促进作物生长发育，提高产量。

微生物菌剂解磷、解钾作用机理如下：

解磷作用机理：微生物菌剂的解磷作用与分泌的代谢产物有关。巨大芽孢杆菌、侧孢短小芽孢杆菌等菌株在生长繁殖过程中分泌各种代谢产物，其中包含有许多有机酸，这些有机酸（如乙酸、乳酸、苹果酸、柠檬酸等）能够分解或破坏矿物晶体，使被固定的磷素释放出来。同时，在微生物和有机碳的作用下，施入土壤中的磷素养分得到充分利用，减少了被土壤固定的量，促使作物获得更多的磷素养分。

解钾作用机理：微生物解钾主要通过两方面实现。一是其菌体的荚膜，二是其生长繁殖过程中分泌低分子量有机酸，有机酸的作用和解磷机理相同。胶冻样芽孢杆菌、多粘类芽孢杆菌等单个菌体被荚膜包围，多个菌体通过荚膜交连在一起，形成胶质团。胶质团是菌体生长繁殖过程中向外分泌的胞外多糖形成的，胞外多糖是细菌破坏矿物晶体结构的必需具备的条件之一，它的存在可以使矿物结构中的钾素养分释放出来为植物所利用。

微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖分泌出来的分泌物比如几丁质酶，生根素等物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物，基本适用于所有植物。

微生物菌剂中含有的大量活性有益菌，像哈茨木霉和枯草芽孢杆菌等，在土壤中不断地生长发育繁殖，分泌大量的几丁质酶、生根素等物质作用于土壤中，同时还能够固氮解磷活钾，提高土壤中肥料的利用率，在做到爆发式生根的同时，还进一步促进作物持续生根，所以微生物菌剂促生根的持效期更长，使作物长势更健康。